A empresa decidiu anular um pregão eletrônico para a contratação de um sistema Integrado de Gestão Empresarial que tinha sido suspenso pelo Tribunal. Uma das razões para a medida cautelar foi a contratação de empresa pelo valor de R$ 107,6 milhões, quando a melhor proposta apresentada foi de R$ 24 milhões, uma diferença de 448,33%. O TCE apontou outros indícios de irregularidades, como sigilo sobre o valor máximo. A Sanepar informou ao TCE que anulou o pregão porque o sigilo foi quebrado quando o valor do contrato de financiamento junto à Caixa Econômica Federal foi publicado em Diário Oficial.